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【转录组测序与蛋白组分析】采购公告
发布日期：2025-03-07 来源：本站 浏览数：67 人
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项目信息
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项目编号：99250306031
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项目名称：转录组测序与蛋白组分析
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课题/经费/项目号：
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采购方式：公开询价
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评审办法：有效最低价
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项目类型：技术服务
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预算金额：36000.000000元
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采购人信息
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采购单位:***
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联系人:***
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电话:***
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地址:306医院
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邮箱:***
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商品信息
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商品信息
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数量
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计量单位
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预算单价
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预算总额
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商品参数
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商品备注
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转录组测序与蛋白组分析品牌：货号/型号：规格：20例动物模型脑组织组织转录组测序+10例蛋白组学分析
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30
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例
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元
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0.000000元
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见附件
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20例动物模型脑组织组织等样本转录组测序分析+10例动物模型脑组织等样本的蛋白组学分析
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内容公告 蛋白组学分析技术参数要求： 1、样品提取，每个样品取适量蛋白质采用 Filter aided proteome preparation (FASP)方法进行胰蛋白酶酶解，采用 C18 Cartridge 对肽段进行脱盐，肽段冻干后加入 40μL 0.1%甲酸溶液复溶，肽段定量（OD280）； 2、每份样品采用纳升流速的 HPLC 液相系统 NanoElute 进行分离。随后经色谱分离后用 timsTOF Pro 质谱仪进行质谱分析。检测方式为正离子，MS 及 MSMS 均?TOF 进?检测和分析，质谱扫描范围设置为 100-1700m/z。数据采集模式采?平?累积串?碎裂（PASEF）模式，具体的数据采集参数为：离子淌度（1/K0）为 0.6-1.6 Vs/cm2、?张?级质谱对应采集 10 张 PASEF 模式的二级谱图。串联质谱扫描的动态排除时间设置为24 秒避免?离?的重复扫描。 3、分析要求 （1）完成蛋白质集合的定量信息进行归一化处理。然后，使用Complexheatmap R 包（R Version 3.4）同时对样品和蛋白质的表达量两个维度进行分类，并生成层次聚类热图。采用 CELLO（http://cello.life.nctu.edu.tw/）的方法进行亚细胞定位预测。使用 InterProScan软件包以集成的方式从 InterPro 数据库运行扫描算法对序列进行功能表征，从而获得目标蛋白序列在 Pfam 数据库中的结构域注释信息。 （2） 利用 Blast2GO对目标蛋白质集合进行 GO 注释，利用 KOBAS 软件，对目标蛋白质集合进行 KEGG 通路注释。 采用 Fisher 精确检验（Fisher’s Exact Test），比较各个 GO 分类（或 KEGG 通路、或 Domain）在目标蛋白质集合和总体蛋白质集合中的分布情况，对目标蛋白质集合进行 GO 注释或（或 KEGG 通路、或Domain、或 GSEA 分析、或 Reactome 通路、或 Wikipathways 通路）注释的富集分析。 （3）基于 IntAct或者 STRING（http://string-db.org/）数据库中的信息查找目标蛋白质之间的直接和间接相互作用关系，生成相互作用网络并对网络进行分析。根据 GSEA 进行Reactome 通路分析和Wikipatyways 通路分析. （4）转录组蛋白联合分析 a.关联数量统计 转录组与蛋白质组是检测特定状态下生物个体、组织或细胞的 mRNA 和蛋白质的表达水平。在进行关联分析时，首先整合相同样本来源的转录组和蛋白质组数据，当某一个蛋白被鉴定到且在转录组水平有表达信息时，则认为基因和蛋白被关联到。接下来在可定量和显著差异两个层面，对关联到的蛋白质和基因数量关系进行统计。 b.表达量相关性分析 对变化趋势相同、变化趋势相反、对显著差异表达的蛋白质和无差异表达、对无差异表达的蛋白质和显著差异表达的 的蛋白质和 mRNA 进行相关性分析。 c.GO 功能注释和富集分析 d.KEGG 通路注释和富集分析 e. Pathway 富集关联分析 按照差异蛋白和差异基因在各 KEGG 条目中富集显著性情况进行分类:1）两个组学都显著富集;2）仅一个组学数据显著富集;3）两个组学均无显著富集; 项目交付要求： 1、样本接收并质检合格，甲方确认后15天内完成分析 2、提供详细的结题报告和项目明细 3、配合甲方完成外协项目专家验收 转录组分析技术参数要求： 技术指标 1. 全长 cDNA 扩增。以待测样本的总 RNA 为模板，利用 Superscript III 逆转录酶将总 RNA中的 mRNA 逆转录成全长片段的双链 cDNA， 2. 富集双链 cDNA。对双链 cDNA 进行扩增以达到文库构建所需要的 DNA 的量，保证后续文库顺利构建。 3. cDNA 纯化及质控。使用 DNA Clean Beads 对扩增产物进行纯化，取 1 μl 纯化后的 DNA产物 qubit 定量。 4. 定量后的 DNA 产物采用新型的转座酶法进行 DNA 片段化，打断到 200-300bp 片段。 5. 富集 DNA 片段PCR 扩增富集文库片段，扩增完后进行一个片段大小的选择，文库大小在 400-500bp。 6. 验证文库 6.1 文库质量检测 使用 Agilent 2100 对 PCR 富集片段进行质量控制，验证 DNA 文库的片段大小及分布。 (Agilent 2100 Bioanalyzer, Agilent, 2100; Agilent High Sensitivity DNA Kit, Agilent, 5067-4626) 6.2 定量文库 利用 Pico green 检测文库总浓度 (Quantifluor-ST fluorometer, Promega, E6090; Quant-iTPicoGreen dsDNAAssay Kit, Invitrogen, P7589) ，QPCR 定量检测有效文库浓度< ThermoScientific StepOnePlus Real-Time PCR Systems >） 7. 均一化并混合文库 多样品 DNA 文库（multiplexed DNA libraries）均一化至 10nM 后等体积混合。如果不 是多样品 DNA，则只需将每样品稀释至 10nM 后，无需进一步混合。 8.生物信息学分析 对样本进行指控分析，对表达量、表达差异、GO 和 KEGG 富集分析、转录因子分析、蛋白互作网络分析和可变剪切分析。 项目交付要求： 1、样本接收并质检合格，甲方确认后15天内完成分析 2、提供详细的结题报告和项目明细 3、配合甲方完成外协项目专家验收
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