序号

物资

名称

工作内容、检测项及质量标准

1

肺癌组织蛋白组检测分析

一．概况

对肺组织样本（包括癌组织和癌旁组织）进行DIA或4D-DIA蛋白质组学检测。

二．平台

1) 质谱平台：Bruker tims-TOF Pro或Q-exacitve HF-X（Thermo）等；

2) 分析平台：搜库和数据处理采用SpectronautTM Pulsar，；

3) 质谱检测精度：内标<1 ppm RMS；外标<3 ppm RMS；

4) 仪器分辨率≥240000（200m/z）；扫描速度40Hz； 

5) 数据库搜索质控：Peptide FDR ≤0.01及Protein FDR ≤0.01；

6) 承诺指标：单个样本蛋白检测数量≥6000个蛋白。

三．质控要求

1) 实验前对样本进行蛋白质组分析和测试（包括预实验评估和自建库）；

2) 对所有的样本蛋白进行BCA定量和样本蛋白完整性的质控实验； 

3) 正式进样前混样QC-mix至少连续重复进样3次，对混样QC-mix的TIC图进行重叠，根据重叠情况判断仪器是否稳定；

4) 每20个样本插入一个QC-mix进行检测，比较各次QC-mix检测结果，保证所有样品检测过程中的仪器稳定；

5) 每个样品检测后加一个Blank用于清洗和监控残留污染。

四．分析内容

基本分析+高级分析+个性化分析+多组学关联分析；蛋白组分析包含但不限于肽段检测列表、蛋白检测列表、PCA主成分分析、组间差异的聚类分析、火山图分析、GO分析、KEGG pathway分析、PPI分析、COG分析、NMF分子分型、GSEA富集分析和组学关联分析等。

五．服务能力

如果参选单位提供4D-DIA技术，需满足以下参数：

1) 参选单位拥有Bruker tims-TOF Pro质谱仪；

2) 具备自主蛋白提取，质谱鉴定等实验条件；

3) 拥有独立的研发与分析团队，具备提供详细鉴定方案以及提供个性化分析的能力；

4) 参选单位主要技术人员以第一作者或者通讯作者在蛋白组学或者蛋白修饰杂志发表过单篇影响因子在10分以上文章；

5) 参选单位拥有2年以上Bruker tims-TOF Pro平台设备运行质谱检测经验，提供2年以上的Bruker tims-TOF Pro质谱仪检测样本合同明细、RAW文件等证明；

6) 参选单位具有蛋白质组功能注释自动化软件、蛋白组学数据分析自动化软件等，并提供相关证书；

7) 项目验收之后，能提供持续1年的免费售后分析、持续性数据解析，服务内容包括数据的解读、解析、数据的深入挖掘与利用、文章方案设计、文章组图设计参考、文章投稿意见、文章撰写建议等。

六．结果交付：

1) 原始数据+结题报告+结果文件，40个工作日内交付所有结果（含数据分析）；

2) 数据交付需提供完整的实验报告，具体包括：

a) 蛋白质质检报告：所有检测样本的浓度和电泳图；

b) 实验文件：实验操作流程、常用软件、技术文档、注释文件；

c) DIA质控报告：提供样本质检报告、DDA建库结果信息、数据质控结果，数据校正等质控信息；

d) 实验数据报告：原始数据、数据质控、生信分析等；

3) 多余组织样本和提取物需返回给比选方；

4) 承诺：不瞒报、谎报、漏报检测数据、结果等信息；承担保密义务，不得泄露、擅自使用或对外发布检测结果和相关信息，严格遵守国家法律、法规和有关纪律要求。

2

代谢组

一．概况

对肺组织样本（包括癌组织和癌旁组织）进行代谢组学检测服务。

二．平台及质控要求

1) 质谱仪：超高效液相色谱+高分辨质谱仪（triple TOF或QE系列等）；

2) 项目进行前额外使用混合QC以平衡色谱体系；

3) 每10个样本插入混合QC；

4) 每20个样本插入BK样本检测残留；

5) 报告需要提供空白BK样本证明数据残留情况；

6) 常规PCA质控外，还需要使用多内标RSD监控仪器稳定性；

7) 单个样本准确有效检出率代谢物1000以上。

三． 分析内容

1) 代谢小分子的定性和定量检测

2) 数据质控，总离子流图

3) 数据标准化和归一化

4) 主成分分析

5) 正交偏最小二乘-判别分析

6) 差异代谢物筛选

7) 差异代谢物聚类分析

8) 差异代谢物相关性分析

9) 差异代谢物的火山图展示

10) 差异代谢物对样本的聚类热图

11) 差异代谢物的通路富集分析

12) 组学关联分析

四．结果交付

1) 结果交付：原始数据+结题报告+结果文件，40个工作日内交付所有结果（含数据分析）；

2) 数据交付要求：

a) 样本实验报告：实验操作流程、仪器试剂、色谱质谱参数；

b) 实验文件：LC-MS物质鉴定表格、差异代谢物分析表、总离子流色谱图（TIC）、生信分析图表；

c) 质控报告：提供样本质检报告、数据质控结果，批次校正等质控信息；

d) 生信分析报告：PCA分析、差异代谢物筛选和火山图、差异代谢物层次聚类分析、差异代谢物Z-score图、代谢物KEGG注释、差异代谢物相关性分析等；

3) 多余组织样本和提取物需返回给比选方；

4) 承诺：不瞒报、谎报、漏报检测数据、结果等信息；承担保密义务，不得泄露、擅自使用或对外发布检测结果和相关信息，严格遵守国家法律、法规和有关纪律要求。